財政部北區國稅局表示，營利事業有大陸地區來源所得者，依臺灣地區與大陸地區人民關係條例第24條第1項規定，應併同臺灣地區來源所得課徵所得稅。但其在大陸地區已繳納之稅額，得自應納稅額中扣抵。因此，所得來源之認定標準就很重要，如經判斷非屬大陸地區來源所得，而係臺灣地區來源所得，縱已繳納大陸所得稅，仍不能自營利事業應納稅額中扣抵。 該局舉例說明，轄內甲公司105年度營利事業所得稅申報取得大陸地區佣金收入1,200萬元，並申報大陸地區來源所得在大陸地區已繳納之所得稅可扣抵稅額120萬元。甲公司說明，其大陸子公司為設備維護廠商，甲公司取得之佣金收入係仲介國內廠商之大陸關係企業，與其子公司簽訂設備維護合約所取得的報酬。經查甲公司自大陸子公司收取的佣金收入，都是在臺灣境內居間仲介提供勞務之報酬，依所得稅法第8條第3款規定屬臺灣地區來源所得，非大陸地區來源所得，無兩岸人民關係條例的適用，在大陸地區繳納的所得稅，就無法從甲公司應納稅額中扣抵，被補徵120萬元稅款。 該局提醒營利事業，列報大陸地區來源所得扣抵稅額時，應先確定取得的所得是否為大陸地區來源所得，如非屬大陸地區來源所得，就不能申報扣抵應納稅額，以免被補徵稅款，維護自身權益。
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